Ни в коем случае нельзя употреблять 5-HTP вместе с ингибиторами моноаминоксидазы (МАО)и препаратов группы ингибиторов обратного захвата серотонина и с осторожностью с агонистами выработки серотонина во избежание серотонинового синдрома. Чрезмерная концентрация триптофана серотонина в головном мозге способна вызвать неприятные изменения восприятия. Однако, эти эффекты корректируются приемом витаминов B3 и B6. При опытах на животных, большие дозы триптофана у беременных приводили к уменьшению размера плода и увеличению процента мертворожденных. Сверх высокие дозы (выше 6 грамм) могут причинить сильный вред печени. До тех пор, пока не станут известны результаты исследований клинического применения, стоит воздерживаться от приема высоких доз 5-HTP и избегать длительного применения.