Наиболее часто встречающиеся побочные эффекты [[омега-3]]: [[тошнота]], желудочно-кишечные расстройства и отрыжка "рыбой". Увеличение времени Повышение риска кровотечения наблюдается только при очень высоких дозах, намного выше рекомендованных. Однако исследователь Harris, при анализе многих работ не обнаружил увеличения тенденцию к увеличению числа кровотечений после приема омега-3 в дозах до 6 г/д даже на фоне приема препаратов снижающих свертываемость крови (варфарин, антитромбоцитарные средства). В целом, побочные действия после приема омега-3 развиваются менее, чем у 1% пациентов.

Другой важный аспект безопасности связан не столько с самими жирных кислотсамыми жирными кислотами, сколько их формой употребления. В связи с загрязнением окружающей среды в продуктах из морских рыб может быть повышено содержание ядовитых веществ, включая соединения ртути. В связи с этим [[FDA]] не рекомендовала беременным или кормящим женщинам использовать в пищу мясо определенных рыб, включая королевскую мокрель, рыбу-меч, акулу и т.д. Тем не менее, в эпидемиологическом исследовании с участием около 12 000 женщин во время беременности, показано, что у принимавших в пищу много морской рыбы, психическое и поведенческое развитие детей происходило быстрее, чем у их сверстников, родившихся у мам, употреблявших в пищу мало рыбы. Большой метаанализ Mozaffarian и Rimm показал очень хорошее соотношение риска/пользы связанного с употреблением рыбы - 1:400. Еще один важный момент – наиболее распространенные рыбы с высоким содержанием омега-3 – это лосось, сардины, форель, сельдь, устрицы и т.д. – если и содержат ртуть, то в очень малых количествах. Что касается пищевых добавок с омега-3, то они практически не содержат ртуть, поскольку ее соединения водорастворимы и соединяются с белками в мышцах и в жир не попадают. Добавки омега-3 способны обострить состояние поджелудочной железы. При длительном приеме стоит учесть возможность появления аллергичекой реакции на морепродукты.

Высокая концентрация в сыворотке крови [[омега-3]] жирных кислот связана с таким побочным действием, как увеличение риска развития рака предстательной железы, в особенности его высокозлокачественной агрессивной формы. Результаты исследования, проведенного специалистами из Fred Hutchinson Cancer Research Center (Сиэтл, США), ставят под сомнение пользу для мужчин от регулярного потребления больших объемов богатой этим видом кислот жирной морской рыбы и соответствующих биологически-активных добавок. Работа опубликована 11 июля в журнале Journal of the National Cancer Institute.

Авторы изучали связь между раком предстательной железы и тремя основными омега3-жирными кислотами, EPA ([[эйкозапентаеновая кислота]]), DPA (докозапентаеновая кислота) и DHA. Участниками исследования были 834 пациента с диагностированным раком простаты. В контрольную группу входили 1393 мужчины, случайным образом выбранные из 35 тысяч участников SELECT - глобального исследования, посвященного выявлению потенциальной связи между приемом [[селен]]а и [[Витамин Е|витамина Е]] и раком предстательной железы.