Самые распространенные побочные эффекты — боль и флебит в месте введения, артралгия, миалгия. Риск первых двух осложнений можно свести к минимуму, вводя препарат через центральную вену. Артралгия и миалгия чаще встречаются при печеночной недостаточности и, по-видимому, обусловлены накоплением метаболитов хинупристина и дальфопристина. Вероятность этих побочных эффектов можно снизить, увеличив интервал между введениями до 12 ч. Хинупристин/дальфопристин ингибирует один из изоферментов цитохрома Р450 — IIIA4. При совместном назначении с лекарственными средствами, которые метаболизируются этим ферментом (нифедипин и другие антагонисты кальция, терфенадин, астемизол, индинавир, невирапин, мидазолам, циклоспорин), хинупристин/дальфопристин усиливает их действие, в том числе побочное. Поэтому препараты с узким терапевтическим диапазоном, а также препараты, вызывающие удлинение корригированного интервала QT (например, некоторые антигистаминные средства), следует назначать с осторожностью, при условии постоянного наблюдения.