Амфотерицин В относится к группе полиеновых антибиотиков, насчитывающей около 200 препаратов. Все они представляют собой внутренние циклические эфиры и имеют от 4 до 7 сопряженных двойных связей. Кроме того, все полиеновые антибиотики плохо растворимы в воде, достаточно токсичны при парентеральном введении и обладают общим механизмом действия. Амфотерицин В (гептаеновый макролид) содержит семь сопряженных двойных связей в транс-конфигурации; к его макроциклическому лактонному кольцу гликозидной связью присоединена 3-амино-3,6-дидезоксиманноза — микозамин (см. ниже). Амфотерные свойства, за которые препарат и получил свое название, обусловлены карбоксильной группой макроциклического кольца и первичной аминогруппой микозамина; эти группы обеспечивают растворимость амфотерицина В в воде при крайних значениях pH. По данным рентгеноструктурного анализа, молекула амфотерицина В имеет жесткую вытянутую структуру; вдоль одного края располагаются гидроксильные группы макроциклического кольца, а вдоль другого — сопряженные двойные связи. Таким образом, один край молекулы оказывается гидрофильным, а другой — гидрофобным.[[Image:Gm996.jpg|250px|thumb|right|Амфотерицин В]]