Хитозан практически не имеет побочных эффектов и не опасен для здоровья. Учитывая механизм действия хитозана, в кишечном содержимом остается больше количество непереваренных жиров, что может приводить к расстройству стула. Критики заявляют, что использование хитозана в качестве [[Диетические добавки|диетической добавки]] может привести к снижению усвоения, наряду с [[Жиры в питании человека|жирами]], [[Микроэлементы|микроэлементов]] и [[Витамины для спорта|витаминов]], однако этот риск довольно низок и сопряжен с любыми ограничениями в пищи, с целью профилактики во время похудения нужно принимать [[Витаминно-минеральный комплекс|витаминно-минеральные комплексы]].