И Омега-3 и Омега-6 жирные кислоты являются незаменимыми, то есть человек может их получить только из пищи (включая и спортивное питание). Омега-3 и Омега-6 конкурируют за одни и те же ферменты, таким образом, соотношение этих жирных кислот будет оказывать влияние на соотношение эйкозаноидов (их метаболические последователи - гормоны, медиаторы и цитокины) таких как простагландины, лейкотриены, тромбоксаны, а это значит, что будет оказано существенное влияние на весь организм.

Метаболиты Омега-6 могут значительно усиливать воспалительные реакции (особенно [[Арахидоновая кислота]]), в отличие от Омега-3. Из этого следует, что для сохранения баланса биологически активных веществ, Омега-3 и Омега-6 должны потребляться в определенных пропорциях. Рекомендованные соотношения колеблются в пределах от 1:1 до 4:1 Омега-6:Омега-3. Как было рассчитано, именно такие пропорции являются эволюционно наиболее адекватными. По методическим рекомендациям Роспотребнадзора РФ оптимальное соотношение в суточном рационе Омега-6 к Омега-3 жирных кислот должно составлять 5-10:1.

В наше время мясо животных, выращенных на фермах, содержит большие количества омега-6 и незначительные количества омега-3. Культивированные овощи и фрукты также содержат меньшие количества омега-3, чем дикие растения. В последние 100-150 лет количество омега-6 в диете значительно возросло также благодаря большому употреблению в пищу растительных масел, таких как кукурузное, [[Подсолнечное масло|подсолнечное]], сафлоровое, хлопковое и [[Соевое масло|соевое]]. Причиной этого явились рекомендации заменить насыщенные жиры растительными маслами для понижения уровня холестерина в крови. Потребление рыбы и морских продуктов, богатых омега-3 жирами, значительно сократилось. В современной западной диете соотношение омега-6 к омега-3 находится в пределах 10-30:1, вместо необходимых 1-4:1.