Основной побочный эффект после применения креатина заключается в избыточном образовании креатина и соответствующем перенапряжении выделительной функции почек, а также в задержке избыточного количества воды в организме. При этом следует учитывать, что креатин моногидрат нестабилен в растворе и после поступления в желудок, но еще до всасывания в кровь значительная доля креатина уже превращается в шлак. Последнее заставляет увеличивать его дозы, а это, в свою очередь, ухудшает функционирование почек. В отдельных публикациях описаны случаи тяжелых осложнений выделительной системы почек при суточной загрузке креатином, достигавшей 80-100 г в несколько приемов. Как указывает С.Н. Португалов (2009), частичный выход из создавшегося положения был найден после внедрения в практику активно внедряются так называемых называемые [[Креатин с транспортной системой|креатинтранспортных систем]]. После приема многокомпонентной системы, содержащей помимо креатина ряд микроэлементов, фосфаты, декстрозу и некоторые сложные углеводы, значительно сокращается время всасывания креатина из желудка в кровь. Поэтому уменьшается количество образующегося креатинина, возникает возможность снижать дозы суточной загрузки креатина при сохранении (и даже при усилении) желаемого эффекта.