Ни одно из многочисленных исследований не выявило вред для здоровья при употреблении L-карнитина. Даже значительные дозы, превышающие в сотни раз рекомендуемые не приводили к развитию побочных эффектов. Безопасность L-карнитина подтверждается и тем фактом, что его часто включают в питание для детей грудного возраста. L-карнитин полезен для людей с больным сердцем, [[Сахарный диабет и спорт|диабетикам]], страдающим [[Гипертония и спорт (повышенное артериальное давление)|гипертонической болезнью]], атеросклерозом и гипертиреозом. Таким образом, L-карнитин не несет вред или опасность для здоровья, вместе с тем обладает большим количеством положительных эффектов.

Благодаря повышенному уровню высвобождения энергии, во время приема карнитина возможно развитие [[Бессонница|бессонницы]], хотя это наблюдается крайне редко. Для предотвращения этого нужно принимать L-карнитин в первой половине дня, к тому же в это время он более эффективен.

Казуистически возникает индивидуальная непереносимость карнитина, которая проявляется тошнотой, [[Головная боль и спорт|головной болью]], нарушением стула.

L-карнитин не вступает во взаимодействие с другими лекарственными средствами, поэтому сочетание его с другими препаратами и [[Жиросжигатели|жиросжигателями ]] не оказывает вред для здоровья.