Mark Crislip, практикующий специалист по инфекционным заболеваниям в Портленде, штат Орегон, заявил: ''«Пробиотики имеют клинический эффект в лечении диареи, но заявленное широкое применение преувеличено, поскольку организм человека сложная экосистема.»''<ref>http://www.sciencebasedmedicine.org/editorial-staff/mark-a-crislip-md-associate-editor/ Mark Crislip</ref>

'''Аллергия'''

* В ситуациях, когда человек находится в критическом состоянии, пробиотики могут быть вредными. В клинических испытаниях, проведенных исследовательской группой Голландский ученых, было выявлено,что потребление смеси шести пробиотических бактерий увеличивало смертность пациентов с панкреатитом с прогнозируемым тяжелым острым панкреатитом.<ref>Besselink MG, van Santvoort HC, Buskens E, Boermeester MA, van Goor H, Timmerman HM, Nieuwenhuijs VB, Bollen TL, van Ramshorst B, Witteman BJ, Rosman C, Ploeg RJ, Brink MA, Schaapherder AF, Dejong CH, Wahab PJ, van Laarhoven CJ, van der Harst E, van Eijck CH, Cuesta MA, Akkermans LM, Gooszen HG (February 2008). "Probiotic prophylaxis in predicted severe acute pancreatitis: a randomised, double-blind, placebo-controlled trial". Lancet 371 (9613): 651–9. doi:10.1016/S0140-6736(08)60207-X. PMID 18279948.</ref>

* В клинических испытаниях [http://www.uwa.edu.au/ Университета Западной Австралии], которые проводились с целью определения эффективности пробиотиков в сокращении риска возникновения аллергии у детей, выяснилось, что дети которым были прописаны пробиотики были более чувствительны к различным аллергенам.<ref>Bee, Peta (November 10, 2008). "Probiotics, Not so friendly after all". The Times (London).</ref>