Исследовано и изучено влияние пробиотиков на механизм воспаление кишечника<ref>"Клиническая полезность пробиотиков против хронических воспалительных заболеваний кишечника". Журнал физиологии и фармакологии . 57 Дополнение 9 :. 23-33 PMID 17242485 .</ref>, на диарею<ref>Ян F, Polk DB (ноябрь 2006 года). "Пробиотики как функциональное питание в лечении диареи". Current Opinion в Clinical Nutrition и метаболических помощи 9 (6): 717-21. DOI : 10,1097 / 01.mco.0000247477.02650.51 . PMID 17053425 .</ref>, урогенитальные инфекции<ref>Рейд G (сентябрь 2008 г.). "Пробиотик Лактобактерии для мочеполовой здоровья женщин". J. Clin. Gastroenterol. 42 (Дополнение 3 Pt 2) :. S234-6 DOI : 10,1097 / MCG.0b013e31817f1298 . PMID 18685506 .</ref>, аллергию.<ref>Vanderhoof JA (ноябрь 2008). "Пробиотики в управлении аллергии". Журнал детской гастроэнтерологии и питания . 47 Дополнение 2: S38-40. DOI : 10,1097 / 01.mpg.0000338810.74933.c1 . PMID 18931598 .</ref> Однако научные данные остаются непризнанными [http://www.efsa.europa.eu/ Европейским органом ведомством по безопасности пищевых продуктов ], поскольку причинно-следственная связь между потреблением пробиотиков и пользой для здоровья человека все еще не выяснена.<ref>Rijkers GT, де Вос WM, Бруммер RJ, Морелли L, Corthier G, Марто P (2011). "Польза для здоровья и пользе для здоровья пробиотиков: преодоление науки и маркетинг» . Британский журнал питания 106 (9): 1291-6. DOI : 10,1017 / S000711451100287X . PMID 21861940 .</ref><ref>"Научное мнение по обоснованию претензий здоровья, связанные с сочетанием Bifidobacterium Лонгум Лос-Анджелесе 101, Lactobacillus Helveticus Лос-Анджелесе 102, Lactococcus Lactis Лос-Анджелесе 103 и Streptococcus thermophillus Лос-Анджелесе 104 и снижения кишечный дискомфорт в соответствии со статьей 13 (5) Регламента (ЕС) № 1924/2006 (например, поиск EFSA для других отчетов мнения о пробиотиков " Европейское ведомство по безопасности пищевых продуктов, EFSA Journal 2013; 11 (2) :. 3085 Источник. 2012-11-08</ref>

Хотя исследования предполагают мутуалистические отношения между кишечной флорой и человеком<ref>Sears, Синтия Л. (2005). "Динамичное партнерство: Празднование наших флору кишечника". анаэробные 11 (5):. 247-51 DOI : 10.1016 / j.anaerobe.2005.05.001 . PMID 16701579 .</ref>, однако нет достаточного количества исследований подтверждающих положительный симбиоз и благоприятное влияние пробиотических пищевых добавок на здоровье человека.<ref>Slashinski МДж, McCurdy SA, Achenbaum LS, Уитни С.Н., McGuire AL (2012). " " Змея-нефть "," знахарство "и" промышленно культивируемых организмов: "biovalue и коммерциализация Микрофлора человека исследований" . BMC Медицинская этика 13 :. 28 DOI : 10,1186 / 1472-6939-13-28 . PMC 3512494 . PMID 23110633 .</ref> Есть мнение, что улучшения кишечной флоры могут быть связаны скорее с долгосрочными диетическими изменениями в питании человека.<ref>Ву, GD; Чен, J;. Hoffmann, C;. Bittinger, K;. Чэнь, Ю.-Y;. Keilbaugh, SA; Bewtra, M;. Рыцари, D;. Уолтерс, WA; Рыцарь, R.; Синха, R;. Гилрой, E;. Гупта, K;. Baldassano, R;. Nessel, L;. Ли, Н;. Бушменов, FD; . Льюис, Джонни Депп (2011) "Связывание долгосрочные модели Диетические с Gut микробной Enterotypes" . Наука 334 (6052):. 105-8 DOI : 10.1126 / science.1208344 . PMC 3368382 . PMID 21885731 .</ref> В блог посте 2009 г [http://www.sciencebasedmedicine.org/editorial-staff/mark-a-crislip-md-associate-editor/ Mark Crislip] один из экспертов сказал, что пробиотики имеют клинический эффект в лечении диареи, но заявленное широкое применение преувеличено, поскольку организм человека сложная экосистема.<ref>Crislip, Mark (16 January 2009). "Probiotics". Science-based Medicine. Retrieved 8 October 2013.</ref> После этого заявления объем исследований посвященных конкретным штаммам было увеличено (см. таблицу ниже)