Рыбы способны накапливать в организме некоторые токсичные вещества: ртуть, диоксины и др. По этой причине рыбий жир может также содержать эти токсины. Также может снижаться свертываемость крови (необходимо учитывать при употреблении антикоагулянтов). Возможен гипервитаминоз [[Витамин А|витамина А ]] при злоупотреблении. Недавно были выявлены новые [[Побочные эффекты омега-3|побочные эффекты омега-3 жирных кислот]].