Рыбы способны накапливать в организме некоторые токсичные вещества: ртуть, диоксины и др. По этой причине рыбий жир может также содержать эти токсины. Также может снижаться свертываемость крови (необходимо учитывать при употреблении антикоагулянтов). Возможен гипервитаминоз витамина А при злоупотреблении.

'''Противопоказания''' гиперкальциемия, заболевания почек, щитовидной железы, активная форма туберкулёза лёгких. Рыбий жир следует с осторожностью принимать пожилым людям, в период беременности и лактации, при заболеваниях желудка, язве 12-перстной кишки, органических поражениях сердца, при острых и хронических заболеваниях почек и печени.