Молекула клиндамииина состоит из остатка аминокислоты (транс-L-4-я-пропилгигриновой кислоты), соединенного с серосодержащим производным октозы. Клиндамицин относится к той же группе [[Антибиотики (антимикробные средства)|антимикробных средств]], что и линкомицин, и имеет следующую структурную формулу:[[Image:Gm966.jpg|250px|thumb|right|Структурная формула клиндамицина]]