Один из нежелательных эффектов гепарина — истощение AT-III в случае длительного применения его в больших дозах, что также может вызвать состояние гиперкоагуляции и стать причиной тромбоза. Важно определение эффективной терапевтической дозы, ибо колебания его концентрации, особенно ниже терапевтической дозы, сопровождается большим риском тромбоэмбологеморрагических осложнений.

'''Противопоказания:''' заболевания, сопровождающиеся снижением свертывания крови и повышенной проницаемостью сосудов, язвенные и опухолевые повреждения кишечного тракта, геморроидальные и маточные кровотечения, состояние после проведения хирургических операций, гемофилия, внутричерепное кровоизлияние, активная форма туберкулеза, тяжелые заболевания печени и почек, беременность и лактация.